歷經(jīng)300多天的每天24小時不間斷的反復實驗測試與分析優(yōu)化,友康全自動樣本處理與核酸提取工作站現(xiàn)已“身經(jīng)百戰(zhàn),百煉成鋼”!接下來我們將以一系列實驗專題持續(xù)放送它的硬核戰(zhàn)力值報告——本期我們聚焦它的核酸所得率和靈敏度進行探究。
核酸提取的目的是為了最終的檢測結(jié)果,即陰性或陽性,核酸提取的效果直接決定了最終檢測的結(jié)果,如果設(shè)備提取效果差,所得核酸濃度不足以檢測出來,可能出現(xiàn)“假陰性”。
為了盡量多的獲得核酸,需要根據(jù)所使用的試劑,匹配出最優(yōu)的核酸提取參數(shù),在設(shè)備開發(fā)之初我們就將所有可能用到的參數(shù)設(shè)置成了開放性的,比如添加試劑的孔位、添加試劑的液量、核酸混勻的時間、核酸混勻的速度、等待時間、晾干時間、吸磁時間等等,通過大量的試驗,我們確定了友康三步法的參數(shù)。
真正的實驗效果如何呢?是否真的足以取締人工提取的工作呢?百聞不如一見,讓實驗數(shù)據(jù)給我們最安心的答案——
實驗材料:
1:病毒液
配置6種不同濃度梯度的病毒液,最高濃度為2e6copies/mL,最低濃度為20copies/mL。依次10倍稀釋,每個濃度梯度下設(shè)置3個采樣管。
2:試劑
準備三種需要的試劑,分別為洗脫液、清洗液和磁珠混合液。三種溶液在儀器中擺放的順序,從左向右依次是:洗脫液、磁珠混合液、清洗液。
3:耗材
一輪測試需要耗材:1000uL TIP頭:1盒,100ml試劑槽:3個,96深孔板:4個,磁棒套:6個,PCR管:3個
準備實驗:
插入磁棒套,放入深孔板,放入TIP頭,將試劑加入試劑槽,放到相應位置,將PCR管放到對應位置,套垃圾袋;將樣本管放到樣本架上,插入第一排樣本架。(先放耗材再放樣本,若先放樣本,更換新的手套后再放置耗材,防止因不當?shù)氖止げ僮鲗е碌慕徊嫖廴荆?/p>
對比手工提?。?/strong>
將各組濃度的病毒液采用相同的提取試劑,按照說明書給定的操作說明進行手工提取,得到各組的核酸。
機器提取6個濃度梯度病毒核酸,PCR檢測,三批試驗中各組的擴增曲線:
對比檢測:
將提純的核酸與相同樣本和試劑手工提取的核酸進行體系構(gòu)建后放入pcr檢測儀進行檢測,對比檢測結(jié)果。機器與手工提取可以達到相同的檢測靈敏度,同時在每個濃度梯度條件下,機器與手工的Ct值之間的差異均不大于1。
實驗結(jié)果:
以上3組數(shù)據(jù)平均數(shù)做標準曲線,R2=0.9963,各組數(shù)據(jù),檢測的Ct值與病毒濃度的對數(shù)值之間呈現(xiàn)較好的線性關(guān)系。
實驗結(jié)論:
(1)機器與手工提取6個濃度梯度病毒核酸,pcr結(jié)果顯示:兩種提取方式的一致性較高,每個濃度梯度下,兩種方式提取核酸檢測結(jié)果Ct值相差均不大于1。
(2)機器與手工提取6個濃度梯度病毒的核酸,pcr結(jié)果顯示:兩者可以做到相同的靈敏度,檢測下限均可以做到200 copies/mL。
(3)檢測得到的Ct值與病毒稀釋的梯度有明顯的線性關(guān)系,說明提取得到核酸的量與病毒的真實濃度之間呈現(xiàn)正比例關(guān)系。進而說明機器提取核酸性能穩(wěn)定,效果沒有大幅的波動。